В 1962 году по решению Совета депутатов трудящихся стоматологическое отделение поликлиники № 21 выделяется в самостоятельную стоматологическую поликлинику.
Здание, в котором расположилась Городская стоматологическая поликлиника № 11, было построено владельцем шелко-прядильной фабрики до 1911 года как особняк управляющего фабрикой.
В 2000 году по приказу Управления здравоохранения Северного административного округа Москвы в состав поликлиники вошло стоматологическое отделение, расположенное по адресу: г. Москва, ул. Весенняя, 18, ранее относящееся к Городской стоматологической поликлинике № 9.
Начиная с 1997 года, поликлиника неоднократно меняла организационно-правовую форму и в настоящее время имеет статус государственного автономного учреждения здравоохранения города Москвы.
Ежегодно в стенах поликлиники получают комплексное стоматологические лечение около 38 000 человек.
С конца 2013 года в лечебную практику врачей внедрен широкий спектор платных медицинских услуг, отвечающих современным требованиям к лечению стоматологических заболеваний полости рта.
Для организации платного приема осуществляются закупки от мировых лидеров в области производства стоматологической продукции. Гибкий прейскурант позволяет получить стоматологическую помощь на высоком уровне современных стандартов пациентам с разными финансовыми возможностями.